Les collections sont constituées d’un ensemble représentatif de pièces de la préhistoire au Haut-Moyen-Age
Le musée expose un fonds relatif aux découvertes archéologiques du Jura (préhistoire, époques gallo-romaine et mérovingienne). De modestes collections d'antiquités et une salle dédiée à la statuaire médiévale et Renaissance complètent cet ensemble.